matlab 的喷泉码编码器,用起来还挺顺的,尤其是你在搞DNA 存储这块的话,真的是蛮实用的。里面的LT_code.m核心文件结构清晰,参数也都开出来了,调试起来不会太难。

喷泉编码的底子是来自那篇比较有名的论文——Erlich 和 Zielinski 在 Science 2017 年发的。用的是 LT 码那一套思路,再结合上GC 含量同碱基最大连续数这些约束,你能灵活地配置你的编码策略。比如你要完全放飞,就把Max_run_length设 152;如果你要比较规范,就给它设 3 就好了。

还有个亮点是它的编码约束设置,在LT_code.m文件里直接改就行,不用到处找。Max、Min 的 GC 含量也都能调,适合不同实验环境用。用 MATLAB R2019a 跑挺稳的,兼容性也不错。

另外,原始文件都在original_files目录里,结构不乱,找文件也方便。调试完编码后,配合你的测序结果去解码,效率也不低。

如果你也在玩DNA 数据存储,又想试试基于 LT 码的喷泉编码,那这个资源真的别错过。记得环境配下 Matlab 2019a,版本不对会出点兼容问题。