HRAN 的 MATLAB 代码,是专门用来快速 fMRI 中的生理噪声的工具,重点是:不用外部参考信号,挺方便的。你只要准备好 MATLAB 2018 或 2019,再装个 Chronux 工具箱,基本就能跑起来。哦对,代码在 GitHub 上开源,MIT 协议,拿来就能用,放心大胆地折腾。

HRAN的核心功能,是估算和去除 fMRI 中的生理噪声。比如心跳、呼吸这些,会影响信号质量。它的思路是:基于 ROI(像心室),通过HRAN_demo_nifti.mHRAN_demo_simulated.m来估频率,再滤掉。代码写得挺清晰的,跑起来没那么难。

工具主要用到AR 模型,就是自回归模型,在时间序列里蛮常见的,适合 fMRI 这种带噪声的数据。跑之前记得先加上addpath(genpath('/PATH/chronux')),不然找不到工具箱路径。路径要对,不然老报错。

顺带一提,如果你之前玩过像SpikeAnalyzerMejias的 AR 代码,应该会觉得 HRAN 也蛮顺手的。实在不行也有 demo 脚本,HRAN_demo_simulated.m这个挺适合拿来测试环境有没有配好。

如果你在搞神经影像fMRI 预这类项目,HRAN 值得一试。是数据量大的时候,用外部生理监测不太方便,HRAN 就派上用场了。代码轻量,跑得快,还开源,真挺香的。