BWA

bwa 的核心算法，用的是Burrows-Wheeler 变换这一套压缩思路，巧妙又高效。原理不难，核心就在于先压再比，省内存、快得多，适合现在测序搞出来那种超长的 DNA 序列。 算法思路比较像排序里的“先把问题变得规整”，它把序列预后搞成个压缩结构，再用个叫FM-index的玩意来快速比对。说白了，就是用最少的资源，把事办了。你要是搞过大规模比对，肯定知道内存和速度有多要命。 bwa里还有个操作挺妙，叫“后缀数组配合 BWT”。听着拗口，其实本质就是节省空间用法，适合上百 GB 的基因数据那种场景。对了，它对长读长支持也不错，不是那种只适配短片段的。 哦对，文章里提到的是《Fast and

BWA是一款用于将DNA序列与参考基因组比对的重要软件工具。这种序列比对技术帮助生物学家确定DNA片段的基因组来源，是RNA-seq、ChIP-seq和DNase-seq等许多生物信息学数据分析的关键步骤。