基因研究

烟草中RSI-1基因的功能研究探索

王友华和段留生研究了烟草中与侧根原基发生相关的RSI-1基因。通过超量表达、反义抑制和RNAi干扰，他们观察和统计分析了植株形态和生理指标的变化。研究讨论了RSI-1基因在烟草中的特异功能。

统计分析 11 2024-07-23

畜禽基因组选择方法的最新研究进展2020

随着科技的进步，畜禽基因组选择方法在2020年已经取得了显著进展。

算法与数据结构 13 2024-07-13

基于淋巴母细胞系基因表达谱的深度学习研究

本研究利用 Illumina RNA SEQ 平台获取了 462 个淋巴母细胞系样本的基因表达数据，构建了包含 1000 个基因的表达谱。所有基因表达水平均基于基因编码 V12 注释，并以 RPKM 格式进行测量。

Hadoop 9 2024-06-30

遗传算法两基因度与多基因度优化方法

两基因度和多基因度遗传算法是遗传算法的两种常见变体。两基因度算法主要用于二维问题，比如 XY 坐标系中的路径优化，适用于较情况。个体由两个基因组成（X 和 Y 坐标），通过选择、交叉和变异等操作，不断优化解的质量。多基因度算法则适用于更复杂的问题，的是多个相关参数的问题。与两基因度相比，它的编码更复杂，适应度函数计算也更精细，能更高维度、更复杂的优化任务。你可以在工程优化、机器学习等领域看到它们的身影。如果你碰到多参数、多维度优化问题，不妨试试多基因度算法，它能带来更强的灵活性和问题的能力。

算法与数据结构 0 2025-07-03

磷循环基因分析过滤代码

磷循环基因数据库 (PCyCDB) PCyCDB 数据库包含 138 个基因家族和 10 个代谢过程，并添加了同源基因以降低假阳性率。 通过识别已知的模拟基因数据集和模拟细菌群落，优化了序列相似性搜索工具（例如 BLAST、USEARCH、DIAMOND）生成的比对结果的过滤标准（即同一性、匹配长度），以获得最佳准确性和进一步降低假阳性。

数据挖掘 12 2024-05-12

生物信息学中基因表达与基因对分析的C++实现

生物信息学领域中，基因表达和基因对分析对于肿瘤研究至关重要。详述了如何利用C++编程语言进行基因对的两两配对，并计算在肿瘤和正常样本中出现反转配对的基因。我们讨论了C++在生物信息学中的应用、基因表达的原理以及基因对分析的具体方法。C++因其高效性和性能优势，在处理大规模基因数据时具有明显优势。基因表达和反转配对分析可以帮助识别出肿瘤相关的关键基因对，为后续的病理研究和药物靶点筛选提供重要线索。

数据挖掘 14 2024-09-14

clusterProfiler R包实现基因和基因簇功能分析与可视化

clusterProfiler 该软件包实现了分析和可视化基因组坐标（由支持），基因和基因簇的功能概况的方法。有关详细信息，请访问。 :writing_hand: 作者余光创（南方医科大学基础医学院）使用 clusterProfiler 时，请引用以下文章：于庚，王L，韩Y和何Q。 clusterProfiler：一个R包，用于比较基因簇之间的生物学主题。OMICS：综合生物学杂志*。 2012，16（5）：284-287。

统计分析 15 2024-11-06

基因算法与函数优化

基因算法是模拟达尔文生物进化理论的计算模型，通过模拟自然进化过程来搜索最优解。它起始于一个代表问题解集的种群，每个个体都带有基因编码的特征。染色体作为主要的遗传载体，内部表现为某种基因组合，决定个体的外部表现特征，例如黑发。

算法与数据结构 15 2024-07-27

沙门氏菌Infantis、Newport和Typhimurium血清型的新型基因组研究

本项目通过对公开基因组数据集的启发式挖掘，利用基于层次的种群结构分析，发现基因座并预测性状。我们使用ProkEvo平台处理Illumina原始序列，生成核心基因组比对、BAPS、MLST、SISTR、AMR定位、质粒鉴定和全基因组注释。FasTree用于构建核心基因组系统发育，而AKronyMer则用于构建细菌基因组之间的成对距离矩阵。所有数据挖掘和静态建模均使用自定义R和Python脚本完成。

数据挖掘 8 2024-09-22

利用宏基因组数据组装某物种基因组一组装指南

详细介绍了利用宏基因组数据组装某物种基因组的整个流程，包括数据预处理、三种不同组装工具的应用（Minia、SPAdes和Megahit），以及组装结果的评估和比较。首先进行宏基因组数据的预处理，包括参考基因组的比对、reads的提取和过滤。随后使用Minia、SPAdes和Megahit进行基因组组装，分别介绍了它们的特点和适用情况。最后通过Quast评估组装结果，比较了三种工具的效果。为利用宏基因组数据进行某物种基因组组装提供了详细指南。

数据挖掘 15 2024-07-16