基因簇

clusterProfiler R包实现基因和基因簇功能分析与可视化

clusterProfiler 该软件包实现了分析和可视化基因组坐标（由支持），基因和基因簇的功能概况的方法。有关详细信息，请访问。 :writing_hand: 作者余光创（南方医科大学基础医学院）使用 clusterProfiler 时，请引用以下文章：于庚，王L，韩Y和何Q。 clusterProfiler：一个R包，用于比较基因簇之间的生物学主题。OMICS：综合生物学杂志*。 2012，16（5）：284-287。

统计分析 15 2024-11-06

磷循环基因分析过滤代码

磷循环基因数据库 (PCyCDB) PCyCDB 数据库包含 138 个基因家族和 10 个代谢过程，并添加了同源基因以降低假阳性率。 通过识别已知的模拟基因数据集和模拟细菌群落，优化了序列相似性搜索工具（例如 BLAST、USEARCH、DIAMOND）生成的比对结果的过滤标准（即同一性、匹配长度），以获得最佳准确性和进一步降低假阳性。

数据挖掘 12 2024-05-12

生物信息学中基因表达与基因对分析的C++实现

生物信息学领域中，基因表达和基因对分析对于肿瘤研究至关重要。详述了如何利用C++编程语言进行基因对的两两配对，并计算在肿瘤和正常样本中出现反转配对的基因。我们讨论了C++在生物信息学中的应用、基因表达的原理以及基因对分析的具体方法。C++因其高效性和性能优势，在处理大规模基因数据时具有明显优势。基因表达和反转配对分析可以帮助识别出肿瘤相关的关键基因对，为后续的病理研究和药物靶点筛选提供重要线索。

数据挖掘 14 2024-09-14

基因算法与函数优化

基因算法是模拟达尔文生物进化理论的计算模型，通过模拟自然进化过程来搜索最优解。它起始于一个代表问题解集的种群，每个个体都带有基因编码的特征。染色体作为主要的遗传载体，内部表现为某种基因组合，决定个体的外部表现特征，例如黑发。

算法与数据结构 15 2024-07-27

利用宏基因组数据组装某物种基因组一组装指南

详细介绍了利用宏基因组数据组装某物种基因组的整个流程，包括数据预处理、三种不同组装工具的应用（Minia、SPAdes和Megahit），以及组装结果的评估和比较。首先进行宏基因组数据的预处理，包括参考基因组的比对、reads的提取和过滤。随后使用Minia、SPAdes和Megahit进行基因组组装，分别介绍了它们的特点和适用情况。最后通过Quast评估组装结果，比较了三种工具的效果。为利用宏基因组数据进行某物种基因组组装提供了详细指南。

数据挖掘 15 2024-07-16

Oracle数据库中簇表详解

在Oracle数据库中，簇表是一种存储方法，允许多个表共享同一数据块中的某些公共列。这些表上具有相同值的公共列的数据行将存储在同一数据块中。因此，簇表可以提高某些查询的性能，尤其是涉及多个表和公共列连接的查询。 需要注意的是，Oracle中的簇表与SQL Server中的聚集索引不同。SQL Server中的聚集索引按索引键的存储顺序强制行存储，类似于Oracle中的索引组织表(IOT)。

Oracle 12 2024-05-30

关系型数据库表与表簇

Oracle 11g R2 数据库中表和表簇的概念

Oracle 16 2024-05-30

基因示意图-dbSNP数据库

基因示意图展示了基因的表达过程。dbSNP数据库是一个广泛使用的数据库，用于存储和管理单核苷酸多态性（SNP）数据，帮助研究人员理解基因变异对表达的影响。

SQLServer 20 2024-07-30

Vandesompele参考基因选择方法的Matlab实现

这个脚本实现了Jo Vandesompele等人在文章《通过几何平均多个内部对照基因对实时定量RT-PCR数据进行准确归一化》中提出的参考基因选择方法，用Matlab编写。

Matlab 15 2024-09-27

小簇聚类中的离群点检测方法

利用聚类技术检测离群点的一种方法是丢弃远离其他簇的小簇。通常情况下，这个过程可以简化为移除小于某个最小阈值的所有簇。虽然可以与各种聚类技术结合使用，但需要设定最小簇大小和小簇与其他簇之间距离的阈值。此外，这种方法对于聚类数量的选择非常敏感，因为很难将离群点的得分附加到对象上。在图18中，当聚类簇数K=2时，可以清楚地看到一个包含5个对象的小簇远离了大部分对象，可能被视为离群点。

算法与数据结构 16 2024-10-03