VCF 转 SFS 的烦恼,easySFS 搞定得还挺省心。
人口统计里的站点频谱(SFS),要构得靠谱,样本大小的选择关键。easySFS就专门干这个活——帮你自动搞定向下投影。你只需要准备好 VCF,它能直接转成适配dadi、fastsimcoal甚至momi2的格式,整个流程也蛮顺滑。
挺多用RADSeq的项目数据缺失都严重,直接删点风险大,估值又容易偏。easySFS 的做法是先投影、再平均,让你用尽多的数据还不会翻车。代码是Python写的,逻辑简单清晰,还能批量跑,挺适合日常流水线里接一脚。
如果你常用的是 VCF 格式、做人口统计类,那easySFS还蛮值得一试的。尤其是前期在选投影值的时候,真能省不少事。如果你对投影原理感兴趣,也可以翻翻Marth 2004和Gutenkunst 2009的文章,思路就更清楚了。
注意别瞎选投影值,最好多跑几个组合看看效果。easySFS 支持交互式和批两种方式,响应也快,适合快速试错。如果你打算把 VCF 转成各种模型需要的 SFS 格式,easySFS 真的还不错。