hiCLIP 的数据脚本包挺适合搞 RNA 结构研究的朋友用的,尤其是你想了解Staufen 1是怎么和 mRNA 打交道的。它把hiCLIP、mRNA-Seq、核糖体这些高通量数据都整合在一块,方便你直接拿来跑流程,出图表,做统计。
Fastq 文件、.gtf
、.fasta
这些基础文件一应俱全,连解复用和映射脚本都给你准备好了。像iCLIP
和hiCLIP
的原始数据,直接用E-MTAB-2937
访问就行,挺方便的。
部分分模块做的,Sweave 脚本写得比较清晰,改参数也方便,不会让人摸不着头脑。图表直接就是稿子里那套,拿来复现结果,或者你自己基于这个拓展,也没啥门槛。
如果你有装IGV的话,还能直接看混合读取的数据可视化效果。建议你试着跑一遍全流程,是核糖体那块,挺有意思的。想深入挖掘 RNA 结构和功能之间关系的话,这个资源还蛮值得折腾一下。