彩色补偿的 matlab 代码里头的 Chrysalis，是个挺实用的图像工具。适合干嘛？共聚焦、两光子显微镜拍出来那种 3D 图像和时间序列的“电影”。你如果经常跟 Imaris、ImageJ 打交道，这套东西用起来还蛮顺的。

光谱解混的逻辑挺直接：先在 Fiji 里跑个GenerateCompensationMatrix脚本，用单色图像搞出一份补偿矩阵，Chrysalis 用它去把原图“解混”，分得挺干净。你也能手动调参数，自由度还不错。

批也考虑到了，Imaris 的 Xtensions 挺全的，尤其是组织细胞那块。你要是搞多色免疫染色的图像，或者想一口气跑一堆图，批一开，效率能快不少。

顺带一提，自动化部分配套的研究文章也有，代码页面上还有视频，照着来几步就能上手。不想从零搭架子的，直接拿来用还挺合适。

如果你常年折腾 3D 图像，尤其是要多色组织片，那这套工具值得一试。想深入了解，可以先看看这几个相关资源：非负矩阵分解的解混程序、高光谱图像工具包这些，思路挺类似。

用的时候注意下：补偿矩阵的质量挺关键，垃圾进垃圾出，控制图像得拍好，别偷懒哈。