流感疫苗和毒株的 HA 序列一对比,pEpitope 值就算出来了。这个pEpitope Calculator工具挺省事,不用你自己手动比对氨基酸位置,直接看每个表位的变化,清清楚楚。它还顺带给你估算个疫苗效力,参考的是 CDC 那套测试阴性设计,靠谱。

疫苗的 HA 序列放进去,主流流感株的也输入,工具自动帮你对照。计算的核心就是看显性表位有没有氨基酸替换。替换得多,pEpitope 值就高,疫苗就没那么灵了。你还可以看到五个表位里都变了啥,一目了然。

预测的疫苗效力(VE),是基于美国那套 CDC 网络和近十年的监测数据搞出来的,算法比较成熟。不只是个比对工具,实际还能指导疫苗开发或临床判断,挺实用的。

如果你是在做疫苗相关的前端可视化或者和生信数据打交道的项目,这工具可以和你的后台模型接一下,搞成前后端联动的数据展示系统也不错。

建议你在浏览器控制台配合下看看求响应的数据结构,搞清楚返回的字段,有助于二次开发。如果你还需要配套的数据库方案,下面这些链接也可以看看,都是蛮对口的:

如果你也在做疫苗效果的可视化,这工具挺适合接入前端展示模块的。