Krait 是一个超快速的微卫星和引物设计工具,功能挺强的。它能你快速进行全基因组范围的微卫星研究。使用 Python 编写,跨平台支持 Windows、Linux、Mac 系统,完全独立运行。你不需要依赖任何其他工具,操作也蛮直观。通过它,你可以轻松地找到 SSR 识别,还能进行超大型基因组中的 VNTR 定位。对那些需要大规模数据的研究者合适。数据支持 gzip 压缩的 fasta 格式输入,输出格式也挺丰富,支持 FASTA、GFF3 或 CSV 格式导出。你还能从 NCBI 数据库下载 DNA 序列,快速搞定你的微卫星设计。只要你需要做微卫星研究或引物设计,Krait 都能帮你省不少力气。
Krait超快速微卫星和引物设计工具
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Primer5.2 的引物设计功能挺实用的,适合做分子实验的朋友。你只需要把 DNA 序列丢进去,设定下长度、Tm 值、GC 含量,软件就能自动帮你筛出一对靠谱的引物,特异性还挺高,省了不少试错的功夫。
序列那块也不错,DNA、RNA、蛋白质都能搞定。导入序列后能直接比对、翻译、注释,甚至还能自己编辑序列,用起来蛮顺手的,适合整理大段序列数据。
PCR 优化方面,Primer5.2 能预测产物大小,还能退火温度、Mg²⁺浓度这些参数。做 PCR 的应该知道,这些条件调不好,效率和特异性都白搭,Primer5.2 能帮你提前踩坑。
测序质量也有,能看出污染、多峰、低质量区域。是做高通量或是 NG
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