PIA

蛋白质组学的推断，PIA 还挺拿手的。它不是搜索引擎，但能把主流的MS/MS结果整合，再来一套统计和可视化，省了不少折腾。你丢进一堆PSM结果，它就能推断出哪些蛋白质靠谱，还能看清肽段和蛋白质之间是怎么对上的，关系图也清楚。整合多个搜索引擎的结果，PIA 得比较自然。不用你手动对着比，FDR也算得蛮靠谱，基本能搞定“同一组 PSM 到底支持几个蛋白质”的问题。尤其蛋白质歧义性的时候，代表蛋白选得还行，没那么主观。支持查看PSM-肽段-蛋白质的完整路径，这个功能我觉得挺实用。尤其是你搞多引擎组合的时候，像Mascot、XTandem、MSGF+之类的，直接一锅炖，比自己拉数据轻松多了。要注意的是

这些工具包括Microsoft.Office.Interop.Word.dll、Microsoft.Office.Interop.Access.dll、Microsoft.Office.Interop.Excel.dll、Microsoft.Office.Interop.Outlook.dll、Microsoft.Office.Interop.PowerPoint.dll等。