蛋白质组学的推断，PIA 还挺拿手的。它不是搜索引擎，但能把主流的MS/MS结果整合，再来一套统计和可视化，省了不少折腾。你丢进一堆PSM结果，它就能推断出哪些蛋白质靠谱，还能看清肽段和蛋白质之间是怎么对上的，关系图也清楚。

整合多个搜索引擎的结果，PIA 得比较自然。不用你手动对着比，FDR也算得蛮靠谱，基本能搞定“同一组 PSM 到底支持几个蛋白质”的问题。尤其蛋白质歧义性的时候，代表蛋白选得还行，没那么主观。

支持查看PSM-肽段-蛋白质的完整路径，这个功能我觉得挺实用。尤其是你搞多引擎组合的时候，像Mascot、XTandem、MSGF+之类的，直接一锅炖，比自己拉数据轻松多了。

要注意的是，虽然 PIA 主打的是“蛋白质推断”，但它对前期谱图质量还是挺挑的。你丢进去的数据靠谱，它才靠谱。用之前最好先把PSM干净，少点噪音，效率高不少。

如果你做的是蛋白质组学数据后，尤其还想对多个引擎结果做联合推断，那 PIA 挺适合试试的。它不干预搜索过程，但在后面统计这块儿，确实省了不少事。