mse 曲面的 Matlab 代码FoldingWIthRotamerAndGA，挺适合研究蛋白质折叠的朋友用来快速试试遗传算法搞局部优化。它用的是旋转异构体（rotamer）文库，核心思路嘛，就是不用建细的原子模型，靠经验能量函数加上 GA 算法，模拟出稳定的构象，还挺聪明的。

脚本里主打的两个能量模型，是从经典的Ramachandran 图里提取出来的。你看那个 1965 年就有了的图，再加上 1984 年的研究支撑，虽然老，但现在还蛮能打的。作者选了2FKL、1PEN这些 PDB 结构，提取首个残基，做了局部角度的扫描，用来构造折叠能量面，挺实用的思路。

哦，对了，它用的是 Matlab 里的遗传算法优化器，不需要你自己造轮子。用起来顺手，适合对 GA 优化还不太熟的同学练练手，顺便上手 Matlab 的优化工具箱。如果你也在琢磨蛋白质的局部折叠趋势，强烈推荐试试看。

对算法感兴趣的，可以顺带看看这些相关资源：

如果你正在做蛋白质结构预测相关的工作，又正好熟 Matlab，那这份代码真的是省时省力的好帮手。