LFQ 师的自动化流程真的挺省事的。直接上proteinGroups.txt，配个带三列的实验设计表，一键跑完下游统计，连FDR、Log2FC这些常用参数都帮你设定好了。哦对，过滤标准也严，什么污染物、反向序列、只有一个肽的蛋白通通清掉。

MaxQuant 的用户应该挺熟proteinGroups.txt这个文件吧？LFQ-Analyst 就专门接这个来的。你只要准备个tab 分隔的设计文件，像“标签”“条件”“复制”这种，基本就能直接开跑。

插补选项也蛮多的，比如knn和MinProb，适合不同场景补缺失值。而且差异表达支持配对测试，还能设置显著性截断。嗯，功能挺全。

还有个挺实用的地方就是热图设置了可以自选聚类数量，不是那种一股脑给你全画出来的，适合快速找差异比较的蛋白。

如果你习惯用 MaxQuant 做蛋白组数据预，想要一个快速接续下游统计的工具，LFQ-Analyst还挺值得一试的。