基于SanXoT框架的定量蛋白质组学工具，是我最近用得比较顺手的一套流程。安装虽然有点挑环境，但跑起来稳定，统计那块也做得比较全，蛮适合搞大规模蛋白质组数据的你来用。

整套流程的逻辑比较清晰，从原始数据导入到系统层级的比较，全都能搞定。重点是它的工作流是为高通量设计的，批量文件也不卡，响应也快。对比用 Excel 和手工脚本要舒服多了。

Windows 安装有点小门槛，得用Visual Studio编译环境，而且必须是C++语言，这个得注意下。像我就是踩坑装错了语言包，建议你提前下好Visual C++ SDK。Python 那块要用setuptools.extension.Extension这种方式编译也没问题。

Linux 和 Mac 下就相对轻松点，C++库都带编译器走了，直接安装依赖基本就能跑了。如果你在 Windows 下用f2py、numpy那种模块，记得装好对应 SDK 就行。

如果你对蛋白质组、系统生物学这些方向感兴趣，可以搭配下面这些资源一块用：

如果你刚好在做高通量定量蛋白质组的数据，iSanXoT 还是挺值得一试的。安装脚本是install_win64.bat，你可以从官方仓库下载发行版后跑一下。