细胞图像

本代码库提供了用于分析成肌细胞增殖图像的MATLAB脚本，这些脚本用于研究长链非编码RNA SAM(lncRNA SAM) 通过稳定Sugt1和促进动粒组装来促进成肌细胞增殖。所有代码均在 MATLAB R2014b 中测试。 代码功能： Figure6C.m & Suppl_Figure_6C.m: 计算红色通道中非零像素的平均强度，并保存输出图像。 Figure6D_Suppl_Figure_5I.m: 计算细胞核内平均绿色通道强度（蓝色），并保存输出图像。 Quantify_Figure6E_6D.m: 量化每个过滤点中平均绿色通道强度，不生成输出图像。 Visualize_Figu

此函数以16位TIFF堆栈形式接收图像，并通过解交错处理其三个通道。它对核标记和病原体通道进行阈值处理和分水岭分割，以识别细胞核和细菌。然后，该函数使用病原体质心创建目标区域（ROI），并通过子图像提取病原体周围的细胞内信号。

在matlab中使用tif图像处理，细胞之星是一款专门用于自动跟踪细胞的软件。为了研究各种生物学问题，特别是在限制细胞系制备操作和光毒性成像期间，通常采用明场成像。CellStar经过优化，能够有效分割和跟踪单层生长的出芽酵母细胞图像，同时也适用于其他圆形物体的跟踪，无论是在明场还是荧光图像中。该软件的关键在于其灵活的参数拟合机制，使其可以针对多种图像类型进行训练和应用。详细信息请访问我们的网站。

此存储库包含用于Matlab的灰度处理和细胞跟踪的源代码。该程序支持荧光或暗场电影的处理，以及相衬电影的跟踪。兼容Matlab 2018a及更早版本，支持'.tif'堆栈和'.nd2'文件格式。还提供适用于Linux的版本。

细胞图像的分割用过不少法子，这套基于阈值+边缘+形态学+种子点的组合方案还挺顺手的。尤其是内置了一个 Matlab GUI 界面，点点按钮就能跑，省了不少调参时间。 操作逻辑清晰：先用阈值分割做个初步过滤，边缘检测把轮廓勾勒出来，再来形态学补洞、去噪，靠种子点区域增长把细胞区域划得更精准。每一步都能看结果，调试起来也直观。 整个流程算是比较“笨办法里的精细活”，适合那种细胞边缘不太规整、背景又有点噪的图。用 Matlab 写的，好上手，而且代码结构也挺清爽。GUI 界面里几个关键参数也都暴露出来了，想改也方便。 想深入的可以看看这几篇相关文章，像是基于阈值、边缘、形态学和种子点的细胞图像分割方

提出了一种基于阙值、边缘、形态学和种子点的细胞图像分割方法。该方法将图像二值化，提取边缘，并应用形态学操作来填充孔洞并去除噪声。然后，通过种子点选择和区域生长来分割细胞。该方法实现了鲁棒和准确的细胞分割，可用于各种细胞图像。

【细胞分割】基于分水岭算法的细胞分离计数matlab程序及GUI.zip

用于重叠巨噬细胞分析的MATLAB软件包。

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【细胞分裂】利用形态学算法开发的matlab源码，可用于红细胞计数，并提供了直观的GUI界面。