LC3B ROI量化：细菌感染细胞图像分析和细胞内信号提取

该脚本用于在高分辨率下量化单个细胞水平的自噬泡。LC3B Tandem Puncta QuantificationV2是一个批处理工具，用于识别eGFP和mCherry信号标记的LC3B液泡，专为自噬研究人员设计。数据要求为多维tiff堆栈或ND3文件，包含eGFP、mCherry和核标记三个通道。测试数据使用共聚焦显微镜采集，以确保高质量的结果。

本代码库提供了用于分析成肌细胞增殖图像的MATLAB脚本，这些脚本用于研究长链非编码RNA SAM(lncRNA SAM) 通过稳定Sugt1和促进动粒组装来促进成肌细胞增殖。所有代码均在 MATLAB R2014b 中测试。 代码功能： Figure6C.m & Suppl_Figure_6C.m: 计算红色通道中非零像素的平均强度，并保存输出图像。 Figure6D_Suppl_Figure_5I.m: 计算细胞核内平均绿色通道强度（蓝色），并保存输出图像。 Quantify_Figure6E_6D.m: 量化每个过滤点中平均绿色通道强度，不生成输出图像。 Visualize_Figu

pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices 数据是 Seurat 单细胞基础分析的基础数据集。

利用Matlab实现图片中感兴趣区域（ROI）的提取，通过简单运行go函数即可进行可视化操作。

这个存储库包含用于3D单细胞分割和分析的Matlab代码，附有详细的步骤说明。分割分段器是一个用于Matlab的应用，通过阈值化细胞质标记物或膜标记物的分水岭转换，在3D空间中精确分割细胞。用户界面简单易用，允许调整参数以达到最佳分割效果。分析脚本可应用于图像文件夹，并将结果保存为Excel文件，包括通道的阈值识别点和区域的富集和部分重叠分析。

此程序汇集了不同颜色通道中细胞计数的结果，以便从Excel表格中快速计算细胞活力。该程序还评估了ImageJ可行性宏中收集的细胞活力数据，准确地量化了3D培养中细胞活力，通过cLSM显微镜扫描，将堆栈分为独立通道，并在每个图像中使用定制的ImageJ宏（Cellcounter3D）分析细胞活力。

在MATLAB中，开发与红细胞增多症相关的分析工具，可以通过编写相关函数来实现疾病的诊断与监测。劳斯的象征性政策阵列可以用于该领域的算法开发，提供不同的函数实现来处理血液数据。在MATLAB Central中，您可以找到多种类似的函数和工具，帮助分析红细胞增多症的相关数据，增强开发效率与准确度。

此存储库包含用于Matlab的灰度处理和细胞跟踪的源代码。该程序支持荧光或暗场电影的处理，以及相衬电影的跟踪。兼容Matlab 2018a及更早版本，支持'.tif'堆栈和'.nd2'文件格式。还提供适用于Linux的版本。

秋海棠是由 Matlab 开发的框架，帮助解决星形胶质细胞 2 光子成像数据的科学图像分析核心挑战。其主要功能包括： 简单且维护成本低的 元数据存储策略； 将手动分析步骤与自定义的 Matlab 工具集成； 处理与镜筒类型/图像来源无关的图像数据； 加入来自多个测量设备和来源的时间序列数据； 使用动态钙传感器对可见成像细胞和组织事件进行 自动或半自动分析。 该系统专注于星形细胞钙信号传导，但同样适用于使用 2 光子激光显微镜 记录的荧光指示剂。系统为非程序员提供了图形化的工作流程，并为程序员提供了 API。我们发现 GUI 工具 和 Matlab 处理 API 的结合效果良好，支持更多编程