Matlab 集成的 C 代码资源里,awesome-single-cell算是蛮值得一看的一个。适合做单细胞数据的朋友,不管你是搞RNA-seq还是ATAC-seq,都能找到对口的工具。涵盖了从降维、聚类到差异表达一整套流程,代码写得还挺清楚,直接用 Matlab 跑,效率也不错。

集成了不少语言的优秀方法,像 Python 写的双峰识别、R 写的贝叶斯模型、还有优化过的聚类算法,用起来还蛮顺的。不少包都对单细胞 RNA-seq的特性做了,比如考虑技术噪声、低表达干扰这些,细节挺贴心的。

推荐你看看BASiCSBEARscc,一个帮你拆分技术和生物噪声,一个专门建模低表达的误差,做高质量离不开这些。还有个基于 Matlab 的框架,跑大规模数据集响应也快,和原生的工具比起来,调试体验也更顺。

哦对了,相关文档和案例资源也不少,像RNA-seq 流程自动矩阵拼接寻峰工具,都挺实用。初学者也能上手,熟练点还能做二次开发。

如果你做的是单细胞测序类项目,尤其想在 Matlab 里统一跑任务,这份代码合集真的别错过。建议配合原文附带的文档和案例慢慢摸熟,会省不少坑。