matlab寻峰代码单细胞染色质免疫切割测序(scChIC-Seq)分析工具库

在MATLAB中，寻找峰值的过程变得非常简便，帮助用户轻松找到数据中的峰值。

这篇论文提供了一种基于深度双随机图正则化矩阵分解的方法，用于单细胞RNA测序中的细胞类型检测。编码使用MATLAB实现，主要包括 run_DSINMF.m、factorization_AB.m、factorization_BF.m、constructW.m、NormalizeUV.m、bestMap.m、compute_NMI.m、AMI.m 和 ARI.m 等文件。用户需下载DSINMF文件夹，并参照README.doc进行操作。

随着技术的不断进步，需要一种自动化的方法来处理细胞表面染色图像。CellSegm是一款专为此设计的MATLAB工具，提供精确的细胞分割功能。

Matlab编程：单细胞视动脉。这是一个皮质简单细胞模型的一维独立实现。

pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices 数据是 Seurat 单细胞基础分析的基础数据集。

这个存储库包含用于3D单细胞分割和分析的Matlab代码，附有详细的步骤说明。分割分段器是一个用于Matlab的应用，通过阈值化细胞质标记物或膜标记物的分水岭转换，在3D空间中精确分割细胞。用户界面简单易用，允许调整参数以达到最佳分割效果。分析脚本可应用于图像文件夹，并将结果保存为Excel文件，包括通道的阈值识别点和区域的富集和部分重叠分析。

此存储库包含用于Matlab的灰度处理和细胞跟踪的源代码。该程序支持荧光或暗场电影的处理，以及相衬电影的跟踪。兼容Matlab 2018a及更早版本，支持'.tif'堆栈和'.nd2'文件格式。还提供适用于Linux的版本。

如果你对数字病理图像的染色风格转换感兴趣，StainGAN的 MATLAB 滑动条代码一定值得一试。它通过周期一致性理论，能有效地进行染色风格转移。项目使用了Camelyon16数据集，包含来自不同实验室的图像。你可以使用 Otsu 阈值去除背景，生成训练和测试用的 256×256 块图像。这个项目对数据集进行合理的划分，训练数据 30,000 个样本，验证 10,000 个样本，测试 10,000 个样本。你可以自由使用代码，只要记得引用原文哦！如果你正在进行类似研究，或者需要这种风格转换的代码，StainGAN会是一个不错的选择。

单细胞单 r 注释参考图谱，可本地使用单 r。