FreeSurfer

FreeSurfer 是一个实用的神经影像工具套件，主要用来和人脑的 MRI 影像。它挺全面的，不仅支持结构和功能 MRI 的流程，还能做皮质和皮质下的分割，甚至支持扩散 MRI、PET 等。如果你正在做神经影像研究，FreeSurfer 是一个不可或缺的好帮手。它的操作挺简单，配套的文档也蛮丰富，是对于入门者友好。你遇到问题的话，邮件列表和社区的也相当及时，基本能大部分疑难杂症。所以，如果你做的是神经影像的相关工作，FreeSurfer 肯定值得一试。

FSpwr 工具能够对 FreeSurfer 数据进行统计功效分析。可靠性分析的表面数据存储于可靠性文件 reliabilty.zip 中，该文件包含 fsaverage 空间中的 ICC 覆盖文件。用户需要创建一个配置文件以执行不同类型的统计功效分析。此配置文件中的 cfg 结构提供了计算功率分析所需的所有信息，然后将其传递给 FSpwr.m 函数进行处理。输出数据将写入 cfg.outputPath 中指定的路径。

Freesurfer 是一个功能强大的工具，提供大量功能来处理和分析MRI图像。它生成灰质和白质分割，使用用户定义的标签或其标签之一派生的小片段。附带的工具 tksurfer 能根据地图集标签上色，例如，对表面进行着色。PySurfing 是一个开源工具，扩展了tksurfer，提供一个接口，为Freesurfer地图集的区域着色，支持（全部）分割。受到Anderson Winkler博士的工作启发，PySurfing提供方便的解剖可视化工具，以呈现数学建模结果。PySurfing 需要安装以下软件：Freesurfer 版本7或更高版本，MATLAB 版本2020b，Python 3.8或更