Hi-C互作分析全流程从质控到TAD与Loop结构识别

Hi-C 数据的全流程真的是门手艺活，从质控、比对、去重到后面的 TAD 和 Loop 结构识别，每一步都不能出错。

这套流程讲得还挺系统的，尤其适合刚接触 Hi-C 的朋友入门。流程里提到的PSYCHIC和HiC_tools都挺实用，前者能帮你根据 Hi-C 矩阵预测潜在增强子，后者则是一组小而美的工具集，数据比较高效。

蛮推荐你看下相关的 Matlab 源码，像是schmid 滤波函数，Hi-C 信号的时候蛮顺手的。而且还有不少 Loop 管理和优化的小技巧，比如在Enhancing Loop Management那篇里就提到了一些暂停、进度显示的操作，适合想搞清楚流程控制细节的你。

哦对了，如果你数据量不小，别忘了配合数据库用，比如文中也顺带提到了MySQL和Oracle的LOOP语法，写自动化脚本的时候挺方便的。

，如果你正好在啃 Hi-C 数据，尤其是结构域（TAD）和环（Loop）识别这一块，这篇流程文章可以当作一本速查手册。