文献结果的复现。这份Excel文件是Rocu0001ıo Deanna等人在2023年发表于《New Phytologist》期刊的文章《Fossil berries reveal global radiation of the nightshade family by the early Cenozoic》的附件。我已将用于NMDS分析的数据单独保存在这里,以便使用。
R package “vegan”介绍及文献数据的重现准备
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vegan 包的入门资料真的挺值得一看,尤其你要搞社区生态的话。2015 年那场在巴尔的摩的 ESA 讲习班,资料全都整理在 GitHub 上,内容比较实在,讲得也清楚。
R 语言搞生态其实早就成主流了,vegan算是里面比较好用的包之一,功能多但不复杂。像常见的NMDS、PERMANOVA这些都能搞,而且配套的图形函数也挺顺手的,画图也不麻烦。
如果你平时已经会点R,比如怎么导入数据、怎么索引数据,那这套资料用起来就比较顺。它不是从头教你 R,而是直接上实战,挺适合已经入门的人。
里面的内容主要聚焦在怎么用vegan做协调,还有一些组间差异的检验,像adonis()这些函数都有涉及。代码都挺
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