RNA序列数据

hiCLIP 的数据脚本包挺适合搞 RNA 结构研究的朋友用的，尤其是你想了解Staufen 1是怎么和 mRNA 打交道的。它把hiCLIP、mRNA-Seq、核糖体这些高通量数据都整合在一块，方便你直接拿来跑流程，出图表，做统计。Fastq 文件、.gtf、.fasta这些基础文件一应俱全，连解复用和映射脚本都给你准备好了。像iCLIP和hiCLIP的原始数据，直接用E-MTAB-2937访问就行，挺方便的。部分分模块做的，Sweave 脚本写得比较清晰，改参数也方便，不会让人摸不着头脑。图表直接就是稿子里那套，拿来复现结果，或者你自己基于这个拓展，也没啥门槛。如果你有装IGV的话，还能直

这篇指南演示RNA-seq分析的基本流程及其背后的差异基因表达检测。在开始操作之前，建议您先了解一些生物信息学和癌症基因组学的背景知识。将解释基因表达的概念，包括相对值和绝对值的区别，以及单核苷酸多态性和体细胞突变的解释。此外，您还将了解高通量测序（例如illumina）的原理，以及fastq文件和gtf文件的格式。最后，介绍如何使用TCGA数据库及在线工具进行分析，涵盖了cBIportal和GEPIA2的应用。

高通量RNA测序（RNA-Seq）技术的出现为解决以往难以攻克的生物学难题提供了新的途径。通过对转录组进行全面分析，RNA-Seq能够实现对样本中所有基因及其异构体的完整注释和定量。然而，要充分发挥RNA-Seq技术的潜力，需要越来越复杂的计算方法来应对数据分析带来的挑战。

Matlab的矩阵自动拼接功能不断扩展，适用于RNA-seq相关工具和基因组数据分析资源。可以通过FastQC / MultiQC、TrimGalore、STAR（两次通过模式）、RSEM（用于异构体定量）、DESeq2等工具进行处理。使用ERCC进行标准化，生成未归一化和归一化计数数据。进一步进行PCA、热图及其他可视化分析。

序列模式挖掘：在包含多个有序序列的数据集中，每个序列由按特定顺序排列的不同元素构成，每个元素又包含不同的项目。通过设置最小支持度阈值，算法识别频繁出现的子序列，即满足出现频率高于阈值的子序列模式。

利用粗糙集算法及其工具Rosetta软件，建立了一种RNA保守功能二级结构预测方法。该方法通过数据挖掘，从整理和离散化的RNA碱基对数据中生成规则，从而确定保守二级结构中的碱基对。在HIV病毒REV应答元件单元保守二级结构预测中，粗糙集方法比传统算法预测的结构与野生型更相似，功能结构分支更清晰。

ALTER SEQUENCE 语句可修改序列的增量值、最大值、最小值、循环选项和缓存选项。如果序列达到 MAXVALUE 限制，修改序列继续使用。

Thang Luong、Eugene Brevdo和赵瑞编写的神经机器翻译（seq2seq）教程，这是谷歌项目的一个分支。本教程帮助使用稳定TensorFlow版本的研究者快速上手。它详细介绍了如何构建竞争力强的seq2seq模型，特别适用于神经机器翻译任务。教程提供了最新的解码器/注意包装器，结合了TensorFlow 1.2数据迭代器和专业的递归模型知识，为构建最佳NMT模型提供了实用的提示和技巧。完整的实验结果和预训练模型在公开可用的数据集上进行验证。

数字趋势序列的子序列匹配算法是时序数据中的一项挺有意思的技术。针对传统趋势序列的一些局限，提出了数字趋势序列和趋势序列展开等新概念。算法通过计算片段的斜率来衡量趋势，使用动态时间规整（DTW)快速搜索算法来子序列匹配问题。算法分为三个部分：DTW 顺序搜索、约束机制、冗余消除机制，并且在实际股票数据中得到了验证。嗯，如果你对时序数据有兴趣，或者需要股票数据，这个算法还蛮实用的。

Oracle 序列用于生成唯一且有序的数字序列。它常用于主键和时间戳等需要递增数字字段的场景。