单分子力谱

原子力显微镜测量链霉亲和素-生物素复合物的断裂力。采用常规方法和模糊逻辑算法处理力曲线，以确定断裂力的分布。基于模糊逻辑的分析消除了热噪声伪影，从而得出更高的断裂力。研究表明，方法的选择会影响对配体-受体相互作用的理解。

matlab中值滤波代码用于分析单分子力谱数据中的停留时间。该软件的应用场景包括“RepC–PcrA复合物对DNA的切割和解链动力学”（Carolina Carrasco等人，2020）。这些代码适用于Linux系统，在终端中执行。跟踪文件需与扩展迹线代码位于同一路径下，文件格式为.txt，包含时间、扩展、易位开始时间和完成时间等信息。

这篇Matlab代码自述文件提供了将.tif格式的原始图像转换为CaMKII单分子数据的详细步骤。使用ImageJ的虚拟堆栈生成合成图像，包括488和560通道。通过CAMKII_ImageJ_Preprocessing_Duplication_v2_TwoChannel_WOBlank.m代码重建重复图像，以便在TrackMate模块中进行粒子跟踪。输出包括Tirf488.tif（488通道）和Tirf560.tif（560通道），对应于488：560复合对的数据。使用TrackMate插件分析这些图像来检测单个粒子，生成.csv文件包含点和跟踪统计信息，并附带频道名称。

LAND 软件包对单分子定位显微镜 (SMLM) 数据进行定量分析，尤其适用于处理大样本量和高发射体密度的数据。 功能 2D 和 3D SMLM 数据分析算法: 基于密度的噪声应用空间聚类 (DBSCAN) 基于 Voronoi 的聚类分析 里普利函数 径向分布函数 (RDF) 最近邻分析 (NN) 距离分析 用于量化核纳米结构构象和纹理的算法 (SMLM-ConText) 数据可视化 具有批处理功能的用户界面 软件获取与安装 下载软件包并解压缩 LAND-master.zip 文件。 将生成的 LAND-master 目录复制到本地 MATLAB 工作目录中。 在 MATLAB 命

打击迹线的 SmarTrace 的 Matlab 代码挺适合做单分子，尤其是搞AFM 图像的朋友。界面借了EasyWorm GUI的思路，操作比较直观。只要你用过Matlab 2018a或更新版，直接把文件夹扔进路径里就能跑。 嗯，SmarTrace 专门用来追踪那种明亮的链状结构，像胶原蛋白或者 DNA 的纤丝图，背景偏暗的图也没问题。想试试？先装好深度学习工具箱，再把图像放到同一目录，省得路径出错。响应也快，代码也简单，算是入门和进阶都适合的一个工具。 如果你还想了解更多，推荐你看看它的论文，或者去找找类似的工具，像AFMunroll或者BayesPI，都挺有意思的。

ReadSTP 允许您从分子成像原子力显微镜 (AFM) 文件中提取选定的数据缓冲区，并将数据加载到 MATLAB 矩阵中，方便后续分析和处理。

本研究介绍了一种方法，用于交换两幅图像的幅度谱和相位谱，并利用交换后的谱实现双谱重构。该方法包括幅度谱和相位谱的交换算法、双谱计算方法以及实验验证。实验结果表明，该方法能够有效地交换图像谱，并实现双谱重构，为图像处理和分析提供了新的可能性。

扩展了 SMALL-LABS，一个用于单分子精确定位的软件，增加了基于 pSMLM 的本地化。代码中包含对 pSMLM 异源 PSF 的描述。

该MatLAB函数用于根据给定的阻尼比（例如，5%的临界值）生成伪谱加速度（PSA）、伪谱速度（PSV）和谱位移（SD）谱。谱坐标适用于单位质量的线弹性单自由度系统。示例demo.m文件位于压缩文件夹中，展示了如何使用该函数，并包含了PSA、PSV和SD谱的绘图功能。

分子对接的数据库准备和配体、受体的预，挺像前端开发里拉接口、清数据、调结构的那一套。ZINC、PubChem 这些数据库就像是组件库，直接拉来就能用。配体准备也蛮有意思的，2D 转 3D、加氢加电荷、调 pH 值，就像一张图，要加滤镜、调光、裁剪，变得适合对接这个“前端页面”了。受体准备更讲究，要去水、找口袋、调电荷，像是写布局前先要把容器好。这些环节看似小事，其实决定了后面对接的成败，别小看哦！