Gen3D 用于构建3D基因组和染色体结构模型的工具 - 开源

以imshow3D开头的图像展示工具，还挺适合想搞点 3D 花活的你。它跟imshow()差不多用法，但可以把图像贴到球体、圆柱体或者你自己定义的形状上。嗯，是那种真的贴上去，不是 PPT 上的“拟物效果”。默认是贴在一个圆柱体上，但你也可以自己传x, y, z坐标或者一个半径函数，来生成像圆锥、球体这种自定义表面。代码也不复杂，响应还快，配合colormap还能调出各种风格，热力图那种效果也有。举个例子：I = peaks(); imshow3D(I,'shape','sphere','colmap',hot(256)); 这样图像就能包裹在一个热热的球体上了，视觉效果直接。你也可以自己写个

体素体积的三维特征提取，用3D Voxel HOG搞定挺方便的。它是从 Dalal 和 Triggs 那个经典的 HOG 算法演变来的，不过用的是体素，不是像素。换句话说，二维 HOG 进化到三维了，适合体数据，比如医学影像或者 3D 建模。 3D VHOG的亮点是对局部结构的能力比较强，检测人脸、边缘、尖点这些特征还挺准。你可以拿它做风险，比如检测那些看起来伤人的部位，也可以用在立体图像的人脸识别上，灵活得。 实现方式比较纯粹，Matlab写的，结构清晰，适合拿来做二次开发或者改造。你要是搞过HOG，上手也不难，基本套路都差不多。 顺手推荐几个相关的资源，比如3D 体素邻域索引、体素光传播模

找到相邻体素的功能其实蛮常见的，但要实现一个通用且方式就不那么容易了。这个 Matlab 函数，能你在 3D 体积中，快速找到某个体素的 26 个相邻体素索引，边界附近的会少一些。如果你从事图像、计算机视觉或者类似的工作，这个函数简直就是省时利器。要注意的是，函数利用了sub2ind，你可以轻松获取 i、j、k 位置的体素索引，方便哦。 如果你有类似的需求，可以直接拿来用，也省得自己写那一大堆代码。说实话，这种功能在 Matlab 里好像并没有直接的内置函数，所以它蛮值得推荐的，节省了不少时间。

该函数通过在二进制掩码的每个面上绘制方形补丁对象，创建了一种新型的3D堆叠块图。它类似于等值面，但可以清晰可视化整个3D二进制掩码的结构，特别适用于从MRI/CT扫描中勾勒出的复杂结构。函数输入包括：mask - 3D逻辑数组或3D二进制掩码，offset - 可选的补丁坐标偏移量，默认为[0 0 0]，varargin - 可传递给patch命令的绘图样式属性，如颜色或透明度等。

利用图像导数分割密集3D组织中的细胞核。输入为一系列时间成像的z切片，格式为tiff或lsm。基于图像导数进行初级分割后，计算3D属性，并推断分割对象的图像统计数据。聚类方法解析融合的原子核为单个原子核（计算时间较长）。详情见已发表研究文章《3D胚胎成像中的对象分割和地面真相》。

该程序是基于Vienna开发，完整实现了3GPP TR36.873协议中的3D信道模型matlab代码。

该算法用于重建N路FRET显微镜数据，生成高分辨率的三维总荧光团浓度和蛋白质-蛋白质相互作用的3D图像。

3D 图像的 Haralick 特征提取，cooc3d 这个 MATLAB 小工具还挺方便的。它能把传统的 2D 纹理算法扩展到三维，直接帮你搞定共生矩阵那一套。你只要给它一份 3D 图像的灰度矩阵，它就能输出一堆纹理特征，像什么对比度、同质性这些，做分类、识别都挺好用。 cooc3d.m是主力函数，逻辑清晰，注释也不少。读取 3D 图像、计算共生矩阵、提取 Haralick 特征，全流程一条龙。你可以直接扔进自己的图像流程里，比如医疗 CT、地质勘探建模这些都挺适配。 用法也不复杂，cooc3d 了一些demo 数据和测试脚本，基本上照着跑一遍就能懂。如果你熟 MATLAB，应该几分钟就能上

MCmatlab 的蒙特卡罗模拟，专门搞 3D 体素空间里的光传播建模，适合用在组织光学这类混浊介质里。如果你做的是光学成像、热效应模拟或者光热研究，这工具就挺对口。模拟光传播，顺带还能加荧光和热扩散，功能还蛮丰富的。函数结构是典型的MATLAB风格，支持用函数句柄传自定义逻辑进去。用过 MATLAB 写过函数句柄的你，应该会快上手。不熟也别怕，官方文档写得还不错。适配复杂的模拟场景，比如：激光打进组织、看温度怎么升、光怎么走……用嵌套函数管理模拟过程也灵活，代码拆得清清楚楚。就是记得，主脚本里所有函数都得写在.m文件的末尾，这点别忽略。如果你想参考其他相关实现，像生物组织光子迁移模拟或者同轴